Reglas de anotación

En esta sección se detallan las reglas y convenciones a seguir para hacer el marcado textual en las notas médicas. Las reglas se encuentran definidas por la siguiente nomenclatura:

Descripción de las reglas generales a tomar en cuenta por los anotadores en el proceso de anotación.

G1. Alcance de la anotación

El proceso de anotación no tiene como propósito anotar todas las palabras incluidas en la nota clínica. El objetivo es encontrar aquellas entidades clínicas que corresponden a las etiquetas definidas.

G2. Anotación basada en documentos individuales

Todas las anotaciones de una nota clínica deben realizarse de manera aislada sin tener en cuenta otras notas clínicas.

G3. Menciones dudosas

No se deben anotar las menciones sobre las que se tenga duda sobre su pertenencia al conjunto de datos, elección de etiqueta, etc. Estas menciones deben recogerse (ID del documento) para comentarse y discutirlas entre el anotador y los organizadores del corpus.

G4. Exhaustividad

Deben marcarse todas las apariciones de una entidad clínica, incluso si ya se ha marcado anteriormente en el mismo texto u oración. Por ejemplo menciones textuales (entidades clínicas) descritas en la misma nota en diferentes oraciones. Ejemplo:

G5. Revisión de guías

Si se detectan tipos de menciones o casos especiales que podrían ser de interés y las guías no especifican su anotación, se deben reportar estos casos junto con ejemplos para refinar las reglas de anotación.

G6. Límite en oraciones

Las anotaciones no pueden atravesar más de una oración. Esta regla puede implicar que no se anote información relevante. No obstante, su aplicación simplifica y acelera la anotación y facilita el tratamiento computacional posterior. Así una entidad clínica no puede etiquetarse (anotarse) si atraviesa:

  • Un punto y seguido
  • Un punto y aparte
  • Un punto de viñeta

G7. Solapamiento de entidades clínicas

No se permite el solapamiento para etiquetar entidades clínicas. Esto se debe a que la plataforma para el etiquetado manual Argilla no lo permite.

Descripción de las reglas que definen que se debe de anotar.

P1. Abreviaturas y siglas

Una mención textual (entidad clínica) puede ser una abreviatura o una sigla de la entidad morfológica. Únicamente se debe anotar aquellas abreviaturas y siglas que pueden ser unidas a entidades clínicas según el conocimiento del anotador y descripciones directamente incluidas en el texto (abreviación ad-hoc) sin ningún tipo de duda. Ejemplos:

P2. Anotar negaciones

Anotar menciones textuales (entidades clínicas), incluso si la mención está en una expresión negada. Por ejemplo:

P3. Anotar con valores en cero

Cuando una mención textual menciona un valor de cero. Ejemplos:

P4. Anotar sinónimos

Deben anotarse todos los sinónimos o expresiones escritas en diferentes formas que hacen referencia a alguna de las entidades clínicas. Por ejemplo:

P5. Antibióticos

Deben anotarse todos los nombres de antibióticos identificados en el documento. Los antibióticos son medicamentos que combaten infecciones causadas por bacterias ya sea matando las bacterias o dificultando su crecimiento y multiplicación. Ejemplos de menciones textuales para ser etiquetadas.

P6. Cesárea previa (NO)

Cuando una paciente no tiene antecedentes de cirugías para la resolución del embarazo. Ejemplos para etiquetar cuando no existe una cesárea previa de la paciente.

P7. Cesárea previa (SI)

Una paciente que cuenta con antecedente quirúrgico (incisión abdominal) para la resolución del embarazo. Las menciones textuales deben estar explícitas en el texto de la nota clínica. Ejemplos:

P8. Complicación

La complicación en el embarazo es todo evento que se desarrolla durante la gestación y parto que puede comprometer la salud y vida del feto y la madre. Anotar todas las menciones encontradas de forma explícita en la nota clínica. Por ejemplo:

P9. Dosis

Una dosis es la cantidad de un medicamento que contiene la medida exacta del principio activo para que este sea eficaz, efectivo y seguro para el tratamiento de la paciente. Ejemplos:

P10. Edad < 37 semanas

Edad gestacional es el período transcurrido desde el primer día de la última menstruación de la mujer con ciclos menstruales regulares, sin uso de anticonceptivos hormonales; con fecha de última menstruación confiable, hasta el nacimiento o hasta el evento gestacional en estudio. Cuando el embarazo se encuentra dentro del período menor a las 37 semanas de gestación. Ejemplos:

P11. Edad ≥ 37 semanas

Cuando el embarazo se encuentra dentro del período mayor o igual a 37 semanas de gestación. Algunos ejemplos son:

P12. Embarazo múltiple

Un embarazo múltiple es el desarrollo simultáneo en el útero de dos o más fetos.​ Etiquetar menciones de Embarazo múltiple similares a los siguientes ejemplos:

P13. Embarazo único

Se denomina embarazo único al proceso de gestación surgido de la fecundación del óvulo por un solo espermatozoide, dando lugar a un único feto. Ejemplos de menciones textuales para etiquetar Embarazo único:

P14. Hemorragia obstétrica

La hemorragia obstétrica se define como la pérdida de volúmen sanguíneo mayor o igual a 500 ml. Algunos ejemplos de Hemorragia obstétrica se describen como:

P15. Info personal

Menciones textuales que hacen referencia a información personal (sensible) de la paciente, familiares y médicos descritas de forma explícita en las notas clínicas. La información a etiquetar debe contemplar los siguientes aspectos:

P16. Parto multípara

Parto es el conjunto de fenómenos activos y pasivos que permiten la expulsión del feto de 22 semanas o más por vía vaginal. Se considera parto multípara a toda paciente que cuenta con antecedentes de resolución del embarazo por vía vaginal. Algunos ejemplos de menciones textuales para Parto multípara son:

P17. Parto nulípara

Se considera parto nulípara a toda paciente que no cuenta con antecedentes de resolución del embarazo por vía vaginal. Ejemplos de menciones para Parto nulípara:

P18. Presentación cefálica

Presentación cefálica es cuando la cabeza del feto se pone en contacto con el estrecho superior de la pelvis materna.

P19. Presentación podálica

La presentación podálica es aquella en la que la pelvis de un feto en situación longitudinal está en contacto con el estrecho superior de la pelvis de su madre. También se le conoce como presentación de nalgas o pelviana. Ejemplos de Posición podálica:

P20. Posología

Determinación de la cantidad de medicamento y del intervalo de tiempo entre administraciones sucesivas de un tratamiento.

P21. Situación transversa

Cuando el feto se encuentra de lado, es decir; formando un ángulo de 90 grados con respecto a la columna vertebral de la madre. Algunos ejemplos para Situación transversa son:

P22. TDP espontáneo

El Trabajo de Parto (TDP) espontáneo es el que se produce por vía vaginal cuando las contracciones del útero modifican el cuello uterino y producen el descenso de la cabeza del producto.

P23. TDP inducido

El Trabajo de Parto (TDP) inducido es aquel donde se recurre a la estimulación mediante fármacos y/o medios físicos aplicados, para que el útero se contraiga antes de que el trabajo de parto comience por sí solo para lograr un parto vaginal.

P24. TDP No: cesárea programada

No hay trabajo de parto (TDP): cesárea programada, es la que se decide realizar antes de que comience el trabajo de parto debido a la existencia de circunstancias que ponen en riesgo a la madre y/o al feto si el parto se realiza por vía vaginal. Puede realizarse por decisión del personal médico o de la paciente.

P25. Tipo de resolución: cesárea

Tipo de resolución: cesárea, hace referencia a la resolucíon del parto por vía de cesárea. Cesárea, es la intervención quirúrgica que tiene por objeto extraer el feto vivo o muerto, de 22 semanas cumplidas o más, así como la placenta y sus anexos, a través de una incisión en la pared abdominal y uterina.

P26. Tipo de resolución: parto

Tipo de resolución: parto, se refiere a la resolucíon del parto por vía vaginal. El parto vaginal es el proceso natural de dar a luz, en el que el producto pasa a través del canal vaginal.

P27. Uterotónico

Un uterotónico, también conocido como oxitócico o ecbólico, es un tipo de medicamento que se usa para inducir la contracción o mayor tonicidad del útero.

Descripción de las reglas que definen que no se debe de anotar.

N1. Menciones implícitas de entidades clínicas

NO se debe realizar ningún tipo de inferencia clínica para decidir si una evidencia textual representa indirectamente una entidad clínica. Asimismo, las anáforas NO deben anotarse. Ejemplos:

N2. Entidades de una palabra y excepciones

NO etiquetar aquellas entidades compuestas de una palabra o una abreviación si no está acompañada de más palabras que definan o especifiquen dicha entidad.

Ejemplos de entidades que se componen de una única palabra:

Existen excepciones a está regla como los siguientes ejemplos:

Descripción sobre las reglas ortográficas a tomar en consideración.

O1. Otros idiomas

Las entidades clínicas (menciones o expresiones textuales) en otros idiomas diferentes del español deben ser anotados.

O2. Errores tipográficos y de conversión

Aquellas menciones textuales (que sigan las reglas generales de anotación) y que tengan errores tipográficos, deben ser anotadas. Esto incluye a las menciones que sufran de errores de conversión automática, generadas al realizar la conversión de los textos de forma automática mediante algún programa.

O3. Errores ortográficos

Las menciones que incluyan algún tipo de error ortográfico (por ejemplo: letras de más o de menos, espacios incorrectos) también deben anotarse. Ejemplo:

O4. Entidades completas

Las entidades anotadas deben estar compuestas por todas las palabras tal y como están incluídas en el texto (palabras completas, abreviaturas, siglas). No se pueden anotar palabras a medias. Ejemplo:

O5. Determinantes

No se deben incluir dentro de una mención los determinantes que aparecen al principio (por ejemplo: el, la, este, ese).

O6. Preposiciones

En la anotación de una mención, no se debe anotar las preposiciones que aparecen al principio (por ejemplo: con, contra, de, desde). Ejemplos:

O7. Puntuación

No se deben incluir dentro de una mención los signos de puntuación que aparecen al final (comas, puntos, etc.).

O8. Paréntesis y comillas

En las menciones que aparezcan entre paréntesis o comillas, dejaremos fuera estos signos. Como excepción, si dentro de la mención aparece un paréntesis o unas comillas de apertura intentaremos incluir también el signo de cierre.

O9. Entidades sin delimitación

Debe evitarse anotar aquellas entidades que no tengan forma de etiquetarse para ser diferenciadas de palabras o símbolos que la preceden y anteceden. Esto es una deficiencia tanto de los datos, como de la herramienta de etiquetado que no permite seleccionar este tipo de menciones textuales. Ejemplo: